Földrajzi fekvés

Mucsfa a völgységi kistájba tartozik, amely Tolna és Baranya megye határán húzódik tagolt, hullámos felszínű, völgyes kistáj. A pleisztocén földtörténeti korban folyó vízi üledék rakodott le, melyet változó vastagságú löszréteg fedett be. A térség az üledék- és löszrétegnek köszönhetően kiváló mezőgazdasági termőhely.
Az Aparhanti-patak folyik át a településen.
Éghajlati szempontból szubmediterrán klímájú. Ezt az enyhe tél, hűvös nyár és a kettős csapadék maximum támasztja alá. A csapadék kevesebb az évi 71 mm-nél, az évi középhőmérséklet 10,6 Celsius fok körül alakul. A legjellemzőbb uralkodó szél irány észak-nyugati, ősszel megnő a délkeleti szelek gyakorisága is, de nem válik uralkodóvá.
A mecseki flóra járásba tartozik. A tagolt felszín miatt változatos mikróklímájú területek alakultak ki, amelyek növényvilága az intenzív szántóföldi művelés miatt szegény, természetes társulások csak ritkán és kis foltokban találhatók. A meleg száraz déli lejtők potenciális erdőtársulása a cseres – tölgyes lenne, helyette akácosok vannak. A patak völgy potenciális társulása az éger liget, amely kiirtása következtében magas kórós növényzetet találunk. A Mecseki-lábi erdők gazdag vad állománnyal rendelkeznek. Mivel a Kelet-Mecsek erdei szegélyezik a nagykiterjedésű szántókat, ezért vadkárok jellemzik. A vizes terület számos madár és kétéltű, hüllő élő helye.